本校では、生徒個人および団体による独自の研究活動（課題研究）の奨励を目的とした、「ISSチャレンジ」を実施しています。この取り組みの中で生徒の研究活動の支援をするとともに、研究の過程および成果を審査し、優秀な研究を表彰しています。また、校外の研究発表会の学校代表選考も一部兼ねています。
SGHにおいて課題研究を進めている生徒の多くがISSチャレンジにエントリーし、課題研究を進めています。
応募資格：
東京学芸大学附属国際中等教育学校に平成27年度在籍している生徒（全学年）。
応募形態は個人・団体は問わないが、個人が複数の研究テーマで応募することは原則認められません。
実施運営形態：
ISSチャレンジには、2つの部門（SSH部門・SGH部門）を設けています。
生徒はどちらの部門に応募することも可能となっており、各部門の運営・生徒指導のマネジメントはSSH・SGHの担当教員が分担して行っています。
SGH部門における研究対象：
グローバル社会の問題に対応した課題研究で、本校SGHの大テーマである「リスク」「葛藤と軋轢」「教育」のいずれかに関わるものを対象としています。
学問分野は文理を問いません。
■ 「リスク」
リスクのない社会はありません。これから先に新たに生じるリスクもあります。それらを完全になくすことはできませんが，リスクをいかにとらえ，コントロールし，それらに備えた強靭で柔軟な社会をどのように築いていくかを，課題研究を通して考えます。
■ 「葛藤と軋轢」
異なる他者と共に生きる世界では必ず葛藤や軋轢が生じます。地球上で起こっている紛争や衝突はそれらが具現化した姿です。しかし葛藤や軋轢を乗り超えた先には新たな可能性が開けるかもしれません。葛藤や軋轢を超えて新たな平和的社会を築く道筋を，課題研究を通して考えます。
■ 「教育」
世界で起こっている多くの課題の解決方法として共通して挙げられるのは教育です。しかしその教育自体が十分でない国や地域が多くあります。また，既存の教育にも新たな形が必要とされています。教育というテーマを通して，多くの仲間と共に生きられる社会の構築について考えます。
＊ ISSチャレンジの研究論文集は最新年度のものを掲載しております。